Ordynacja podatkowa przewiduje możliwość kontroli podatkowej przeprowadzonej przez organ podatkowy pierwszej instancji. Ma ona na celu sprawdzenie, czy i w jaki sposób  podatnik wywiązuje się z obowiązków podatkowych.

Organ pierwszej instancji przeprowadza kontrolę uiszczania określonego podatku przez podatników terytorialnie mu podlegających. Wśród organów pierwszej instancji wyróżnia się:

• Naczelnika urzędu skarbowego (zajmuje się on podatkiem od towarów i usług – VAT, podatkiem dochodowym od osób fizycznych – PIT, podatkiem dochodowym od osób prawnych – CIT, podatkiem od gier, podatkiem od czynności cywilnoprawnych – PCC, podatkiem od spadków i darowizn oraz podatkiem tonażowym)
• Naczelnika urzędu celnego (sprawuje on pieczę nad odprowadzaniem podatku od importowanych towarów i usług, podatku akcyzowego, podatku od wybranych kopalin)
• Marszałka województwa, starostę, burmistrza i wójta (w ich gestii jest podatek od nieruchomości, podatek rolny, podatek leśny, podatek od środków transportu).

Natomiast kontrolę podatkową mającą na celu ustalenie, czy metoda ustalania ceny transakcyjnej między powiązanymi podmiotami stosowana jest poprawnie, przeprowadza minister właściwy dla spraw finansów publicznych.

Kontrola podatkowa wszczynana jest po upływie 7 dni (nie później jednak niż 30 dni) od daty doręczenia powiadomienia o zamiarze jej wszczęcia. Czasem jednak kontrola może być niezapowiedziana. Dotyczy to sytuacji, gdy:

• Ma ona dotyczyć zasadności zwrotu różnicy podatku, bądź zwrotu naliczonego podatku w odniesieniu do przepisów regulujących kwestię podatku  VAT.
• Wszczynana jest w związku z postępowaniem przygotowawczym w sprawie przestępstwa, albo wykroczenia skarbowego.
• Odnosi się do opodatkowania przychodów, które nie mają pokrycia w ujawnionych źródłach, bądź pochodzą ze źródeł nieujawnionych.
• Ma związek z działalnością gospodarczą, która nie została ujawniona.
• Będzie przeprowadzona w związku z przeciwdziałaniem wprowadzaniu do obrotu finansowego wartości majątkowych, które pochodzą ze źródeł nielegalnych (lub nieujawnionych), a także z przeciwdziałaniem finansowaniu terroryzmu.
• Podmiot kontrolowany został w Polsce skazany prawomocnym wyrokiem za popełnione przestępstwo  skarbowe, lub przestępstwo wskazane przez ustawę o rachunkowości (Dz. U. 1994, nr 121, poz. 591 ze zmianami), albo wykroczenie związane z utrudnianiem przeprowadzenia kontroli.
• Podmiot podlegający kontroli jest zobowiązany w postępowaniu egzekucyjnym w administracji.
• Podmiot kontrolowany nie dysponuje miejscem zamieszkania, albo adresem siedziby, bądź próby doręczenia pism na wskazane przez niego adresy  były nieskuteczne, lub utrudnione.

Kontrola w powyższych wypadkach zostaje przeprowadzona w oparciu o imienne upoważnienie wystawione przez stosowny urząd. Szczególne okoliczności usprawiedliwiają jej wszczęcie nawet po okazaniu wyłącznie legitymacji służbowej osobie kontrolowanej, albo osobie przez nią upoważnionej.

Taka sytuacja może mieć miejsce, gdy:

• Przeprowadzenie kontroli uznane zostanie za konieczne, aby przeciwdziałać popełnieniu wykroczenia, lub przestępstwa skarbowego, bądź by zabezpieczyć dowody jego popełnienia.
• Kontrolę cechuje doraźny charakter związany z ewidencjonowaniem obrotów przy użyciu kasy fiskalnej, użytkowania tej kasy, albo wykonywaniem inwentaryzacji – spisu z natury.

W razie, kiedy nie jest obecna osoba kontrolowana (bądź upoważniona), kontrola również może się odbyć – także wyłącznie za okazaniem legitymacji, albo w towarzystwie przywołanego świadka. Świadkiem tym może być funkcjonariusz publiczny, ale nie pracownik organu kontrolującego. Może to być przykładowo funkcjonariusz policji.