Są sytuacje, kiedy izba nie wyraża zgody na wydanie indywidualnej interpretacji. Dotyczą one przepisów proceduralnych.

Posiadająca zezwolenie na prowadzenie składu podatkowego firma złożyła wniosek o interpretację indywidualną, w którym pytała Izbę Skarbową, czy może otrzymać  zaświadczenie o niezaleganiu z podatkami (jako producent piwa musi się często okazywać takim dokumentem) skoro trwa w sporze z urzędem skarbowym w związku z wysokością należnego podatku, a organy odwoławcze nie podjęły jeszcze decyzji, czy racja stoi po stronie  spółki, ani czy wykazane przez nią na deklaracji podatkowej kwoty są prawidłowe.

Dyrektor izby skarbowej nie zgodził się na wydanie interpretacji. Orzekł, że nie może odnieść się do stanowiska przedsiębiorstwa, które wniosło zapytanie o przepisy proceduralne.

Wojewódzki Sąd Administracyjny, do którego trafiła następnie sprawa, zwrócił przy tym uwagę, że indywidualna interpretacja powinna dotyczyć wyłącznie stanu faktycznego, którego rozstrzygnięcie implikuje u wnioskodawcy powstanie obowiązku, lub zobowiązania podatkowego. Izba wypowiadając się na temat procedury wkroczyłaby w kompetencje organu podatkowego,

Wyrok łódzkiego WSA z 16 stycznia 2014 roku (sygn. akt III SA/Łd 924/13) jest nieprawomocny.