Ustawa o podatku od czynności cywilnoprawnych zwalnia z opodatkowania PCC transakcje sprzedaży gruntów gospodarstw rolnych lub takich, które mają utworzyć lub zostać włączone do gospodarstwa należącego do nabywcy.

Gospodarstwo rolne to grunty, który zaklasyfikowane są w ewidencji gruntów i budynków jako użytki rolne, albo zadrzewione i zakrzewione grunty na użytkach rolnych. Minimalna powierzchnia, jaką powinny zajmować to 1 hektar, bądź 1 hektar przeliczeniowy. Wyklucza się spośród nich obszary, na których prowadzona jest działalność pozarolnicza – jak wskazuje ustawa o podatku rolnym (Dz. U. z 2006, nr 136, poz. 969 ze zmianami).

Spółka wnioskowała do  urzędu skarbowego o stwierdzenie nadpłaty podatku, jaki zapłaciła przy zakupie gospodarstwa rolnego – wg niej został on zapłacony niesłusznie, gdyż w myśl ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych w chwili zakupu grunty stanowiły gospodarstwo rolne i jako takie powinny ulegać zwolnieniu z takiego opodatkowania.

Ustawa o PCC (Dz. U. 2010, nr 101, poz. 649 ze zm.) nakazuje zwolnienie z podatku od czynności cywilnoprawnych umów zbycia nieruchomości, a także ich części, o ile w chwili transakcji dane grunty stanowią zgodnie z przepisami o podatku rolnym gospodarstwo rolne, bądź też utworzą je, lub zostaną włączone do gospodarstwa należącego już do kupującego. Podatek od PCC uiszcza nabywca.

Spółka składając wniosek przedstawiła oświadczenie stwierdzające, iż na gruntach w chwili ich nabycia nie prowadzono działalności pozarolniczej.

Urząd nie uznał wniosku i odmówił zwrócenia nadpłaty opierając swoją decyzję na przesłaniu, iż gospodarstwo rolne nierozerwalnie łączy się z działalnością rolniczą.

Spółka skierowała sprawę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi. W swoim wystąpieniu jej pełnomocnik przedstawił sytuacje podkreślając, że urząd rozstrzygnął wniosek opierając się wyłącznie na zgłoszeniu przez spółkę nabytych gruntów do opodatkowania podatkiem od nieruchomości i zaklasyfikowaniu ich tym samym tak, jakby prowadzona była na nich działalność gospodarcza, chociaż urząd  w swej ewidencji nieruchomości na moment sprzedaży klasyfikował je jako użytki rolne. Zignorowane zostało oświadczenie spółki, iż na gruntach w chwili zakupu nie była prowadzona działalność inna niż rolnicza.

Łódzki WSA przychylił się jednak do rozstrzygnięcia urzędu skarbowego. W związku z tym spółka  zwróciła się do Naczelnego Sądu Administracyjnego, którego orzeczenie okazało się już dla niej korzystne. NSA stwierdził bowiem, że zakup nieruchomości nie podlega PCC, o ile w dniu transakcji dane grunty są gospodarstwem rolnym, bądź kiedy łącząc się z innymi gruntami kupującego utworzą gospodarstwo rolne (spełnione zostaną normy dotyczące wielkości) . Nie ma natomiast znaczenia, czy nabyta nieruchomość będzie użytkowana później rolniczo, czy też nie.

Wyrok NSA, 26 września 2013 (sygn.. akt II FSK 2704/11).